ČEPS, a.s., má v souladu se svými stanovami tyto orgány: valnou hromadu, dozorčí radu a představenstvo.

Valná hromada je nejvyšším orgánem společnosti a rozhodnutím o změně stanov může zřídit i další orgány společnosti, vymezit jejich působnost, způsob rozhodování a stanovit délku funkčního období.

V souladu se stanovami společnosti ČEPS valná hromada volí a odvolává členy dozorčí rady s výjimkou členů volených a odvolávaných zaměstnanci dle zákona a stanov společnosti.

Dozorčí rada ČEPS, a.s., má devět členů, z nichž tři jsou voleni zaměstnanci (v souladu s § 200 zákona č. 513/1991 Sb., obchodního zákoníku v platném znění). V působnosti dozorčí rady je zejména volba a odvolání členů představenstva, dohled na výkon působnosti představenstva a na uskutečňování podnikatelské činnosti společnosti.

Představenstvo je statutárním orgánem společnosti, řídí její činnost a jedná jejím jménem. Představenstvo stanovuje strategii, zabezpečuje obchodní vedení společnosti, řídí obchodní a podnikatelské činnosti, vykonává práva zaměstnavatele, svolává valnou hromadu a o své činnosti pravidelně informuje dozorčí radu. Působnost představenstva je podrobně uvedena ve stanovách (článek 20), které jsou schváleny valnou hromadou a uloženy ve sbírce listin obchodního rejstříku vedeného Městským soudem v Praze.